Michapa proviene del náhuat y significa "Río de Peces", ya que se compone de mich, pez y apa, río.
El pueblo fue eregido por decreto ejecutivo el 12 de agosto de 1872, por el Presidente de la República don Santiago González, con el nombre de Santa Cruz, el cual incluía a los valles de Michapa, Las Animas y Los rosales; su centro fue edificado en el paraje nombrado "El Amatón"
Sus fiestas son en honor a la Santa Cruz y se celebran del 1 al 3 de mayo.